Irina Presnyakova, phát ngôn viên của Viện Hàn lâm Khoa học Nga, thông báo là Ginzburg đã từ trần tại Moskva ngày 8.11.2009, do tim ngừng đập.[1][10] Ông đã bị bệnh từ nhiều năm trước,[10] và trước đây 3 năm ông đã nói: "Nói chung, tôi muốn là một người có tín ngưỡng. Tôi đã 90 tuổi và bị kiệt sức vì bệnh tật. Đối với các người có tín ngưỡng thì dễ chịu đựng bệnh tật và những gian khổ khác của cuộc sống. Nhưng tôi phải làm sao đây? Tôi không thể tin vào sự sống lại sau khi chết."[10]

Thủ tướng Nga Vladimir Putin đã gửi lời chia buồn tới gia đình Ginzburg, nói rằng "Chúng tôi chào vĩnh biệt một nhân vật đặc biệt với tài năng lỗi lạc, có sức mạnh đặc biệt về chí khí, sự kiên quyết của niềm tin gợi ra sự kính trọng đích thực từ các bạn đồng nghiệp".[10] Tổng thống Nga Dmitry Medvedev – trong thư chia buồn – đã mô tả Ginzburg là một "nhà vật lý hàng đầu của thời đại chúng ta, người mà những khám phá đã có ảnh hưởng lớn lao tới sự phát triển khoa học quốc gia và thế giới."[11]

Ginzburg được an táng ngày 11.11.2009 tại Nghĩa trang Novodevichy ở Moskva, nơi an nghỉ của nhiều chính trị gia, nhà văn và nhà khoa học nổi tiếng của Nga.[1]